У Управи за спречавање прања новца образован је Сектор за аналитику и спречавање финансирања тероризма, као основна организациона јединица. У оквиру Сектора образоване су следеће унутрашње јединице: Одељење за аналитику (са два одсека у оквиру Одељења: Одсек за анализу сумњивих трансакција и Одсек за сарадњу са државним органима) и Група за спречавање финансирања тероризма.
У свом саставу Управа за спречавање прања новца има и следеће уже унутрашње јединице изван сектора: Група за правне послове и усклађивање прописа са међународним стандардима, Група за међународну сарадњу, обуку и пројекте, Група за развој информационих технологија, Одсек за надзор, Одсек за материјално-финансијске и опште послове и Група за примену усаглашености пореских прописа на међународном нивоу.
За обављање послова који, због своје природе, не могу бити сврстани ни у једну унутрашњу јединицу, изван свих унутрашњих јединица, систематизује се самостални извршилац изван свих унутрашњих јединица.
Радом Управе за спречавање прања новца руководи директор, кога бира Влада Републике Србије на предлог министра финансија, на период од 5 година. Директор Управе за спречавање прања новца је државни службеник у II групи положаја. За свој рад одговара министру финансија и Влади.
Влада Републике Србије је дана 7. децембра 2015. године именовала Жељка Радовановића за вршиоца дужности директора Управе. Правилником о систематизацији радних места у Управи је предвиђено и место помоћника директора, државног службеника у петој групи положаја.
Сектор за аналитику и спречавање финансирања тероризма, стара се о правилној примени прописа, општих аката и директива у вези са извршавањем послова из делокруга рада Сектора обавља студијско-аналитичке и студијско-оперативне послове који се односе на: пријем, евидентирање и унос извештаја у базу података, анализу примљених извештаја на дневном нивоу и других информација које достављају обвезници по Закону о спречавању прања новца и финансирања тероризма; сарадњу са обвезницима у вези са извештавањем Управе у складу са Законом о спречавању прања новца и финансирања тероризма; израду предлога листе индикатора сумњивих трансакција за обвезнике; израду предлога препорука за пријаву сумњивих трансакција; прати међународне и регионалне семинаре и саветовања о спречавању прања новца, финансирања тероризма и борбе против организованог криминала; иницира доношење прописа, директива и других аката којима се уређује област прањa новца и финансирање тероризма; израду захтева за достављање података од обвезника, државних органа, као и страних финансијскообавештајних служби; прикупљање и анализу података на иницијативу државних органа за покретање поступка прикупљања података у Управи; израду захтева за достављање података од обвезника, а у вези са иницијативама; израду захтева за достављање података од страних финансијскообавештајних служби; израду одговора на захтеве државних органа; учествовање у изради типологија и трендова прања новца и финансирања тероризма; учествовање у изради процене ризика од прања новца и финансирања тероризма на националном нивоу; давање препорука обвезницима о пријави сумњивих трансакција; и обављање других послова из делокруга Сектора.
Одељење за аналитику, обавља студијско-аналитичке и студијско-оперативне послове који се односе на: пријем, евидентирање и унос извештаја у базу података, анализу примљених извештаја на дневном нивоу и других информација које достављају обвезници по Закону о спречавању прања новца и финансирања тероризма; сарадњу са обвезницима у вези са извештавањем Управе у складу са Законом о спречавању прања новца и финансирања тероризма; израду предлога листе индикатора сумњивих трансакција за обвезнике; израду предлога препорука за пријаву сумњивих трансакција; израду захтева за достављање података од обвезника, државних органа, као и страних финансијскообавештајних служби; прикупљање и анализу података на иницијативу државних органа за покретање поступка прикупљања података у Управи; израду захтева за достављање података од обвезника, а у вези са иницијативама; израду захтева за достављање података од страних финансијскообавештајних служби; израду одговора на захтеве државних органа; учествовање у изради типологија и трендова прања новца и финансирања тероризма; учествовање у изради процене ризика од прања новца и финансирања тероризма на националном нивоу; давање препорука обвезницима о пријави сумњивих трансакција; и обављање других послова из делокруга Одељења.
Одсек за анализу сумњивих трансакција обавља студијско-аналитичке и студијско-оперативне послове који се односе на: пријем, евидентирање и унос извештаја у базу података, анализу примљених извештаја на дневном нивоу и других информација које достављају обвезници по Закону о спречавању прања новца и финансирања тероризма; сарадњу са обвезницима у вези са извештавањем Управе у складу са Законом о спречавању прања новца и финансирања тероризма; израду предлога листе индикатора сумњивих трансакција за обвезнике; израда предлога препорука за пријаву сумњивих трансакција; израду захтева за достављање података од обвезника, државних органа, као и страних финансијскообавештајних служби; учествовање у изради типологија и трендова прања новца и финансирања тероризма; учествовање у изради процене ризика од прања новца и финансирања тероризма на националном нивоу; обавља и друге послове из делокруга Одсека.
Одсек за сарадњу са другим државним органима обавља студијско-аналитичке и студијско-оперативне послове који се односе на: прикупљање и анализу података на иницијативу државних органа за покретање поступка прикупљања података у Управи; израду захтева за достављање података од обвезника, а у вези са иницијативама; израду захтева за достављање података од страних финансијскообавештајних служби; израду одговора на захтеве државних органа; израду извештаја о утврђеној вези између предмета Одсека и сумњивих трансакција; учествовање у изради типологија и трендова прања новца и финансирања тероризма; учествовање у изради процене ризика од прања новца и финансирања тероризма на националном нивоу; давање препорука обвезницима о пријави сумњивих трансакција; обавља и друге послове из делокруга Одсек.
Група за спречавање финансирања тероризма обавља студијско-аналитичке и студијско-оперативне послове који се односе на: пријем, евидентирање и унос извештаја у базу података, анализу примљених извештаја на дневном нивоу и других информација које достављају обвезници по Закону о спречавању прања новца и финансирања тероризма а који се односе на финансирање тероризма; израду захтева за достављање података од обвезника, државних органа, као и страних финансијскообавештајних служби; прикупљање и анализу података на иницијативу државних органа за покретање поступка прикупљања података у Управи; израду одговора на захтеве државних органа који се односе на финансирање тероризма; давање препорука обвезницима о пријави сумњивих трансакција у вези са финансирањем тероризма; учествовање у изради типологија и трендова финансирања тероризма; учествовање у изради процене ризика од финансирања тероризма на националном нивоу; обавља и друге послове из делокруга Групе.
Група за правне послове и усклађивање прописа са међународним стандардима обавља студијско-аналитичке и стручно-оперативне послове који се односе на: израду нацрта закона и других прописа који уређују спречавање и откривање прања новца и финансирања тероризма; припрему мишљења о примени наведених закона и других прописа; припрему препорука у циљу јединствене примене наведених закона и других прописа код обвезника и адвоката; анализирање међународних стандарда у области спречавања прања новца и финансирања; организовање семинара за државне органе у вези са применом прописа о спречавању прања новца и финансирања тероризма; вођења свих потребних статистичких евиденција о кривичним делима, привредним преступима и прекршајима у складу са Законом о спречавању прања новца и финансирања тероризма; израду анализе правних прописа у вези са спречавањем прања новца и финансирања тероризма; обједињавање и израду прилога и других извештаја у оквиру релевантних преговарачких поглавља; учествовање у изради процене ризика од прања новца и финансирања тероризма на националном нивоу; сачињавање годишњег извештаја о раду Управе.
Група за међународну сарадњу, обуку и пројекте обавља студијско-аналитичке и стручно-оперативне послове који се односе на: превођење захтева страних ФОС и одговора Управе на захтеве; превођење међународних правних стандарда; предлагање закључивања споразума о сарадњи са страним финансијско - обавештајним службама (у даљем тексту: ФОС); анализира и утврђује потребе за обуком запослених у Управи; доприноси координацији обуке у области борбе против прања новца и финансирања тероризма у складу са стратегијом, програмима и плановима обуке и сарађује са сродним организационим јединицама других државних органа и релевантних међународних организација ради унапређења квалитета обуке у области борбе против прања новца и финансирања тероризма; припрема и учествује у припреми пројеката релевантних за борбу против прања новца и финансирања тероризма и Управу за спречавање прања новца, сагледава могућности за коришћење средстава из фондова Европске уније (ИПА, Таекс) и других страних донатора ради финансирања приоритетних активности у Управи.
Одсек за надзор обавља послове инспекцијског надзора над применом материјалних прописа који регулишу спречавање прања новца и финансирања тероризма код: лица која се баве поштанским саобраћајем, лица која се баве факторингом и форфетингом; лица која се баве пружањем услуга преноса новца, када је реч о пословању у земљи; код предузећа за ревизију, овлашћених ревизора, предузетника и правних лица која пружају рачуноводствене услуге, пореских саветника, посредника у закључивању кредитних послова и давању зајмова и давању јемстава; као и праћење извештаја инспекцијских органа о извршеном надзору над спровођењем Закона о спречавању прања новца и финансирања тероризма; утврђује методологију и врши анализу ризика послова из делокруга своје надлежности; надзире спровођење законских одредаба код тих обвезника; сачињава записнике о извршеном надзору; доноси решења којим налаже исправљање неправилности и утврђује рокове за исправљање те неправилности; подноси пријаве за привредни преступ, кривичне пријаве и захтеве за покретање прекршајног
поступка.
Група за развој информационих технологија обавља послове: планирања, предлагања, имплементације и одржавања нових софтверских решења у Управи; одржавања рачунарског система и база података у Управи; одржавања интернет презентације Управе; планирања, предлагања, имплементације и администрације информатичких решења у циљу побољшања пред-анализе и анализе трансакција; одржавања и праћења рада мреже; администрације система за управљање документима и предметима; администрације система за прикупљање и анализу података; имплементације и администрације аналитичких алата; обавља и друге послове из делокруга Групе.
Одсек за финансијско-материјалне и опште послове обавља финансијско-рачуноводствене и књиговодствене послове; послове израде периодичних и годишњих рачуна Управе, обезбеђивања и коришћења расположивих финансијских средстава Управе; послове у вези са припремом документације и спровођењем поступка јавних набавки; опште послове; измене уређења и систематизације радних места; вођење кадровских евиденција; обавља и друге послове из делокруга Одсека.
Група за примену усаглашености пореских прописа на међународном нивоу обавља студијско-аналитичке и стручно-оперативне и статистичке послове; припрема мишљења о примени наведених закона и других прописа; припрема препоруке у циљу јединствене примене наведених закона и других прописа; анализира међународне стандарде везано за побољшање усаглашености пореских прописа на међународном нивоу; организовање семинара за државне органе у вези са применом пореских прописа на међународном нивоу; вођења свих потребних статистичких евиденција и извештавање у вези са пореским прописима не међународном нивоу; израда и анализа правних прописа којим се уређује извештавање статистичких извештаја; сачињавање статистичких годишњих извештаја о раду Управе.
Самостални извршилац изван свих унутрашњих јединица обавља студијско-аналитичке послове који захтевају посебну стручност и самосталност која се односи на развој типологија и трендова за прање новца и финансирање тероризма; анализира ризик од прања новца и финансирања тероризма и предлаже мере за смањење ризика; предлаже мере у циљу развоја комуникације и процеса доношења одлука увођењем савремених метода и стратегија управљања; обавља послове из области финансијског управљања и контроле; израђује листе, мапе и обрасце процеса у Управи за финансијско управљање и контролу; израђује обрасце за управљање ризицима; израђује регистре ризика Управе; израђује извештаје из области финансијског управљања и контроле и сарађује са Централном јединицом за хармонизацију прописа.